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典型案例 揭示中醫(yī)藥企業(yè)常見稅務風險

2025年11月27日 更新

安徽亳州是“中華藥都”，目前有8000多家中醫(yī)藥企業(yè)，還握著全國獨一份的中藥材檢驗檢測中心、中藥材技術(shù)性貿(mào)易措施研究評議基地。2024年的數(shù)據(jù)更實在——中藥材種了127.1萬畝，產(chǎn)值47.64億元，其中標準化種植50.07萬畝，漲了8.52%；現(xiàn)代中醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)規(guī)模破210...

安徽亳州是“中華藥都”，目前有8000多家中醫(yī)藥企業(yè)，還握著全國獨一份的中藥材檢驗檢測中心、中藥材技術(shù)性貿(mào)易措施研究評議基地。2024年的數(shù)據(jù)更實在——中藥材種了127.1萬畝，產(chǎn)值47.64億元，其中標準化種植50.07萬畝，漲了8.52%；現(xiàn)代中醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)規(guī)模破2100億，到2102.6億元，增速11.9%；規(guī)上醫(yī)藥制造業(yè)產(chǎn)值502億元，也漲了10.9%。

產(chǎn)業(yè)跑得越快，稅務風險越得盯著。亳州市稅務局專門組了個服務中醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)的工作專班，印了本《支持中醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)高質(zhì)量發(fā)展稅費優(yōu)惠政策指引》，一邊提醒風險，一邊梳理了一堆典型案例——剛好給同行提個醒。

先說說中藥材種植企業(yè)的“高頻坑”——免稅發(fā)票開不對。A公司是做中草藥種植銷售的一般納稅人，賣自己種的亳白芍，覺得是自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品能開免稅發(fā)票，財稅員直接選了“稅率零”。結(jié)果客戶拿到票沒法在電子稅務局勾選抵扣，問了12366才知道：沒選“自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品銷售”這個特定業(yè)務，下游根本沒法抵。最后A公司只能紅沖重開，加上“自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品銷售”的字樣才搞定。

稅務部門怎么說？增值稅暫行條例第十五條明明白白寫了，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者賣自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品免稅；實施細則第三十五條把“農(nóng)業(yè)、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者、農(nóng)產(chǎn)品”的范圍劃得清清楚楚，種中草藥的賣自己種的，肯定能享這個優(yōu)惠——2026年要施行的《增值稅法》也沒改這個規(guī)定。A公司其實是把“免稅發(fā)票”和“零稅率發(fā)票”搞混了。按照財稅〔2017〕37號及后續(xù)文件，下游拿農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票或收購發(fā)票，是按買價乘9%算進項抵扣的——所以上游必須選“自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品銷售”這個特定業(yè)務開票，下游才能抵。實務里還有更糟的：有的上游把免稅票開成零稅率，甚至有人注冊假種植企業(yè)虛開發(fā)票。亳州稅務部門已經(jīng)在想辦法：做了本《農(nóng)產(chǎn)品稅收護航政策匯編》，試了“基層村集體+基層稅務分局”的“2+共治”模式，讓合作組織建畝均產(chǎn)值清單，從根上壓減涉農(nóng)涉稅風險。

再看中藥材商貿(mào)企業(yè)——收購發(fā)票*容易“踩雷”。B公司是做中藥材購銷的一般納稅人，2025年給自然人甲某開了59張農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票，價稅合計快650萬。結(jié)果稅務核查一查就露餡：發(fā)票金額和甲某的種植能力根本對不上，而且甲某其實是中間商，不是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者。后果是什么？60多萬進項稅額得轉(zhuǎn)出，成本不能稅前扣除，還得讓甲某重新開票。稅務部門還盯上了它，給了個發(fā)票額度動態(tài)授信監(jiān)管——相當于加了道“緊箍咒”。

這里得：發(fā)票管理辦法說的明明白白，農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票是收購單位給農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者個人（注意，不含個體經(jīng)營者）收自產(chǎn)免稅農(nóng)產(chǎn)品時，付款方開給收款方的。現(xiàn)在的增值稅政策也規(guī)定，買農(nóng)產(chǎn)品可以按收購發(fā)票或銷售發(fā)票上的買價乘9%算進項抵扣（另有規(guī)定的除外）。實務里商貿(mào)企業(yè)的風險就兩類：要么開錯了——銷售方是中間商，不是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者，這時候得拿銷售方開的票，不能自己開收購發(fā)票；要么虛開——業(yè)務根本沒發(fā)生。亳州稅務部門已經(jīng)在找辦法堵漏洞：和農(nóng)業(yè)農(nóng)村部門、107個村委會簽了協(xié)同共治協(xié)議，2024年推動1020個農(nóng)戶加入合作社，合作社給618個農(nóng)戶開了3019筆自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品免稅發(fā)票，金額超2400萬——從源頭把開票行為規(guī)范了。再提醒一句：虛開發(fā)票可不是小事，輕則沒收違法所得、罰款，重則要負刑事責任。

中藥飲片加工企業(yè)別以為進了“核定扣除試點”就能不用發(fā)票——C公司就是教訓。C公司是做中藥飲片加工的，屬于增值稅一般納稅人農(nóng)產(chǎn)品核定扣除試點企業(yè)，2025年覺得“都核定了，不用要發(fā)票”，買農(nóng)產(chǎn)品的時候壓根沒要票。結(jié)果稅務排查一查就發(fā)現(xiàn)：進項發(fā)票數(shù)量和生產(chǎn)情況對不上。好在稅務部門提示了，趕緊補開了發(fā)票才沒捅大婁子。

稅務部門的建議得記牢：根據(jù)財稅〔2012〕38號附件1，試點納稅人買農(nóng)產(chǎn)品不用按票面稅額抵扣，按核定方法算可抵扣進項稅——但企業(yè)所得稅稅前扣除得要合法有效的發(fā)票?。《愂照鞴芊ê桶l(fā)票管理辦法都規(guī)定，購銷活動得按規(guī)定拿發(fā)票。就算是核定扣除的納稅人，也得要發(fā)票（專用發(fā)票、收購發(fā)票、海關(guān)繳款書、普通發(fā)票都算），還得留著運輸、質(zhì)檢、資金支付這些資料，證明交易是真的——不然核定指標偏高、虛構(gòu)銷售、虛開發(fā)票這些風險，早晚得找上你。

最后說說中成藥制造企業(yè)——得防著“虛增服務費”。D公司是做中成藥制造的一般納稅人，2024年銷售收入6.3億，取得的5.9億發(fā)票里，好多是現(xiàn)代服務費、咨詢服務費。稅務排查一瞅就覺得不對：服務費太高了，明顯是虛增銷售費用。結(jié)果怎么樣？補繳了90多萬企業(yè)所得稅和滯納金，肉疼吧？

這里得提“兩票制”——2016年12月26日醫(yī)改辦等8部門發(fā)的《關(guān)于在公立醫(yī)療機構(gòu)藥品采購中推行“兩票制”的實施意見（試行）》，簡單說就是藥品從藥廠到一級經(jīng)銷商開一次票，經(jīng)銷商到醫(yī)院再開一次，減少中間環(huán)節(jié)。但“兩票制”后，有些藥企動起了歪心思：虛增“咨詢費”“會議費”“推廣費”這些服務費，想降低稅負——可背后藏著資金回流、空殼公司這些問題??！要知道，醫(yī)藥行業(yè)是多部門聯(lián)合稽查的重點，建議企業(yè)趕緊自查：會議費、推廣費、咨詢費是不是真的？合不合理？資金流水對不對？再把內(nèi)控和合規(guī)建設搞扎實，確保“三流一致”（資金流、發(fā)票流、貨物流）——不然風險找上門，哭都來不及。

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